Stefna Flensborgarskólans er að nemendur og starfsfólk nýti sér tölvutækni við störf sín í skólanum. Námið er m.a. skipulagt í kennslukerfinu Innu, þar sem kennarar setja inn námsefni, verkefni o.fl.
Nemendum býðst að nota þráðlaust netkerfi skólans. Tölvur og símar geta tengst því án vandræða, hvar sem er í skólahúsinu. Ekkert aðgangsorð er að netinu.
Almennt er reiknað með að nemendur nýti eigin fartölvur, spjöld og síma í skólanum. Einnig býðst aðgangur að nokkrum tölvum á tölvutorgi skólans, á 2. hæð í Hamri.
Í tölvstofu skólans, M207, eru 20 borðtölvur, sérstaklega ætlaðar til kennslu í forritun
Kennarar fá úthlutað fartölvum sem þeir nýta við kennslu, tengja við skjávarpa o.þ.h.
Þurfi aðstoð við tæknimál má leita til Sindra kerfisstjóra skólans, sindri@flensborg.is. Sindri er einnig með aðstöðu merkt tölvuumsjón í miðhúsi skólans.