Flensborgarskólinn býður nemendum upp á nám á fjórum stúdentsbrautum:
Auk námsbrauta geta nemendur valið eitt sérsvið á brautina sína en þau eru eftirfarandi:
Hér er hægt að panta viðtalstíma hjá náms- og starfsráðgjöfum, nemenda- og kennsluráðgjafa, í ritveri og hjá skólahjúkrunarfræðingi.
Flensborgarskólinn í Hafnarfirði starfrækir íþróttaafrekssvið í samstarfi við ÍBH (Íþróttabandalag Hafnarfjarðar), öll íþróttafélög á landinu og ÍSÍ. Sviðið er hluti af námsbrautum til stúdentsprófs en séráfangar sviðsins eru ýmist teknir hjá skólanum eða viðkomandi íþróttafélagi. Komið er til móts við nemendur á íþróttaafrekssviði t.d. vegna keppnisferða með tilhliðrun prófa og verkefna.
